دوره 24، شماره 1 - ( دو ماهنامه طب جنوب 1400 )
جلد 24 شماره 1 صفحات 87-78 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Dehghani P, Zolgharnein H, Nabipour I, Matroodi S, Mohammadi M. Molecular Identification of the Persian Gulf Sea Hare (Aplysia sp.) Based on 16s rRNA Gene Sequence. Iran South Med J 2021; 24 (1) :78-87
URL: http://ismj.bpums.ac.ir/article-1-1410-fa.html
URL: http://ismj.bpums.ac.ir/article-1-1410-fa.html
دهقانی پروا، ذولقرنین حسین، نبی‌پور ایرج، مطرودی سهیلا، محمدی محسن. شناسایی مولکولی خرگوش دریایی خلیج‌فارس (Aplysia sp.) بر اساس توالی ژن 16s rRNA. مجله طب جنوب. 1400; 24 (1) :78-87
پروا دهقانی1 
، حسین ذولقرنین* 2، ایرج نبی‌پور3 ، سهیلا مطرودی1 ، محسن محمدی3
، حسین ذولقرنین* 2، ایرج نبی‌پور3 ، سهیلا مطرودی1 ، محسن محمدی3
1- گروه زیست دریا، دانشکده علوم دریایی و اقیانوسی، دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر، خرمشهر، ایران
2- گروه زیست دریا، دانشکده علوم دریایی و اقیانوسی، دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر، خرمشهر، ایران ، zolgharnein@kmsu.ac.ir
3- مرکز تحقیقات زیست فناوری دریایی خلیج‌فارس، پژوهشکده علوم زیست پزشکی خلیج‌فارس، دانشگاه علوم پزشکی بوشهر، بوشهر، ایران
2- گروه زیست دریا، دانشکده علوم دریایی و اقیانوسی، دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر، خرمشهر، ایران ، zolgharnein@kmsu.ac.ir
3- مرکز تحقیقات زیست فناوری دریایی خلیج‌فارس، پژوهشکده علوم زیست پزشکی خلیج‌فارس، دانشگاه علوم پزشکی بوشهر، بوشهر، ایران
چکیده: (2570 مشاهده)
هدف: خرگوش‌های دریایی جنس Aplysia از جمله نرم‌تنان مورد توجه محققان مختلف برای بررسی فیلوژنی، ترکیبات شیمیایی زیست فعال و دستگاه عصبی هستند. این نرم‌تنان رژیم غذایی گیاهخواری دارند و به منظور دفاع از خود، ترکیبات شیمیایی (مرکب) تولید می‌کنند. تحقیق حاضر به شناسایی مولکولی خرگوش دریایی خلیج‌فارس (شهرستان بوشهر) با استفاده از توالی ژن 16s rRNA پرداخته است.
مواد و روش‌ها: نمونه‌برداری از سواحل شهرستان بوشهر صورت گرفت. DNA کل با روش CTAB استخراج شد و DNA هدف با پرایمرهای یونیورسال 16sar-L و 16sbr-H تکثیر گشت. برای تحلیل‌های فیلوژنی از دو روش بیشینه درست‌نمایی وBayesian (به‌ترتیب با نرم‌افزارهای RAxML و Mr Bayes) استفاده شد. برای الگوریتم ML، 1000 تکرار بوت استراپ تولید شد. در روش Bayesian نیز برنامه برای 20 میلیون نسل اجرا و برای هر 1000 نسل یک درخت نمونه‌برداری شد.
یافته‌ها: بر اساس درخت حاصل از روش Likelihood Maximum، خرگوش دریایی خلیج‌فارس و dactylomela Aplysia با 87 درصد بوت استراپ و احتمال پسین بالا (1=PP) در یک کلاد قرار گرفتند. درخت فیلوژنی به دست آمده از روش Bayesian نیز توپولوژی مشابهی نشان داد و در این روش نیز گونه خلیج‌فارس با 8/95 درصد بوت استراپ و احتمال پسین 1 در گروه خواهری A. dactylomela حمایت شد.
نتیجه‌گیری: نتایج حاصل از آنالیز مولکولی توالی ژن 16S rRNA نشان دهنده وجود یک گونه احتمالاً جدید از خرگوش‌های دریایی در منطقه خلیج‌فارس است، اما به منظور گزارش قطعی موقعیت گونه حاضر، انجام آنالیزهای فیلوژنی با استفاده از ژن COI و همچنین ویژگی‌های مورفولوژیک گونه لازم است.
مواد و روش‌ها: نمونه‌برداری از سواحل شهرستان بوشهر صورت گرفت. DNA کل با روش CTAB استخراج شد و DNA هدف با پرایمرهای یونیورسال 16sar-L و 16sbr-H تکثیر گشت. برای تحلیل‌های فیلوژنی از دو روش بیشینه درست‌نمایی وBayesian (به‌ترتیب با نرم‌افزارهای RAxML و Mr Bayes) استفاده شد. برای الگوریتم ML، 1000 تکرار بوت استراپ تولید شد. در روش Bayesian نیز برنامه برای 20 میلیون نسل اجرا و برای هر 1000 نسل یک درخت نمونه‌برداری شد.
یافته‌ها: بر اساس درخت حاصل از روش Likelihood Maximum، خرگوش دریایی خلیج‌فارس و dactylomela Aplysia با 87 درصد بوت استراپ و احتمال پسین بالا (1=PP) در یک کلاد قرار گرفتند. درخت فیلوژنی به دست آمده از روش Bayesian نیز توپولوژی مشابهی نشان داد و در این روش نیز گونه خلیج‌فارس با 8/95 درصد بوت استراپ و احتمال پسین 1 در گروه خواهری A. dactylomela حمایت شد.
نتیجه‌گیری: نتایج حاصل از آنالیز مولکولی توالی ژن 16S rRNA نشان دهنده وجود یک گونه احتمالاً جدید از خرگوش‌های دریایی در منطقه خلیج‌فارس است، اما به منظور گزارش قطعی موقعیت گونه حاضر، انجام آنالیزهای فیلوژنی با استفاده از ژن COI و همچنین ویژگی‌های مورفولوژیک گونه لازم است.
فهرست منابع
1. Azizpour J, Chegini V, Khosravi M, et al. Study Of The Physical Oceanographic Properties Of The Persian Gulf, Strait Of Hormuz And Gulf Of Oman Based On PG-GOOS CTD Measurements. J Persian Gulf 2014; 5(18): 37-48.
2. Coles SL. Coral Species Diversity And Environmental Factors In The Arabian Gulf And The Gulf Of Oman: A Comparison To The Indo-Pacific Region. Atoll Res Bull 2003; 507: 1-19. [DOI:10.5479/si.00775630.507.1]
3. Medina M, Collins T, Walsh PJ. Phylogeny Of Sea Hares In The Aplysia Clade Based On Mitochondrial DNA Sequence Data. Bull Mar Sci 2005; 76(3): 691-8.
4. Kamiya H, Sakai R, Jimbo M. Bioactive Molecules From Sea Hares. In: Cimino G, Gavagnin M, editors. Molluscs. Progress In Molecular And Subcellular Biology. Vol 43. Berlin, Heidenberg: Springers, 2006, 215-39. [DOI:10.1007/978-3-540-30880-5_10] [PMID]
5. Lovell P, Moroz LL. The Largest Growth Cones In The Animal Kingdom: An Illustrated Guide To The Dynamics Of Aplysia Neuronal Growth In Cell Culture. Integr Comp Biol 2006; 46(6): 847-70. [DOI:10.1093/icb/icl042] [PMID]
6. Kamio M, Grimes TV, Hutchins MH, et al. The Purple Pigment Aplysioviolin In Sea Hare Ink Deters Predatory Blue Crabs Through Their Chemical Senses. Anim Behav 2010; 80(1): 89-100. [DOI:10.1016/j.anbehav.2010.04.003]
7. Yang H, Johnson PM, Ko KC, et al. Cloning, Characterization And Expression Of Escaping, A Broadly Antimicrobial FAD-Binding L-Amino Acid Oxidase From Ink Of The Sea Hare Aplysia Californica. J Exp Biol 2005; 208: 3609-22. [DOI:10.1242/jeb.01795] [PMID]
8. Ko KC, Tai PC, Derby CD. Mechanisms Of Action Of Escapin, A Bactericidal Agent In The Ink Secretion Of The Sea Hare Aplysia Californica: Rapid And Long-Lasting DNA Condensation And Involvement Of The Oxyr-Regulated Oxidative Stress Pathway. Antimicrob Agents Chemother 2012; 56(4): 1725-34. [DOI:10.1128/AAC.05874-11] [PMID] [PMCID]
9. Tavares TC, Nogueira VL, Batista GL, et al. A Sea Hare L-Amino Acid Oxidase To Fight Multiple Antibiotic-Resistant Staphylococcus aureus. J Microbiol Exp 2017; 4(6): 00129. [DOI:10.15406/jmen.2017.04.00129]
10. Tavares TC, Nogueira VL, Vasconcelos IM, et al. Further Characterization And Mode Of Action Of Dactylomelin-P, An Antibacterial Protein Isolated From The Ink Of The Sea Hare Aplysia Dactylomela (Rang, 1828). J Exp Mar Biol Ecol 2011; 407(2): 200-6. [DOI:10.1016/j.jembe.2011.06.035]
11. Zandi K, Farsangi MH, Nabipour I, et al. Isolation And Purification Of A Novel Anticancer 60 K Daltons Protein From The Persian Gulf Sea Hare, Aplysia Dactylomela. Iran South Med J 2004; 6(2): 97-103. (Persian)
12. Wollscheid-Lengeling E, Boore J, Brown W, et al. The Phylogeny Of Nudibranchia (Opisthobranchia, Gastropoda, Mollusca) Reconstructed By Three Molecular Markers. Org Divers Evol 2001; 1(4): 241-56. [DOI:10.1078/1439-6092-00022]
13. Medina M, Walsh PJ. Molecular Systematics Of The Order Anaspidea Based On Mitochondrial DNA Sequence (12S, 16S, And COI). Mol Phylogenet Evol 2000; 15(1): 41-58. [DOI:10.1006/mpev.1999.0736] [PMID]
14. Mikkelsen PM. The Evolutionary Relationships Of The Cephalaspidea SL (Gastropoda, Opisthobranchia) With An Analysis Of Traditional Cephalaspid Characters. Boll Malacol 1996; 29: 15-38.
15. Medina M, Lal S, Vallès Y, et al. Crawling Through Time: Transition Of Snails To Slugs Dating Back To The Paleozoic, Based On Mitochondrial Phylogenomics. Mar Genomics 2011; 4(1): 51-9. [DOI:10.1016/j.margen.2010.12.006] [PMID]
16. Panova M, Aronsson H, Cameron RA, et al. DNA Extraction Protocols For Whole-Genome Sequencing In Marine Organisms. In: Bourlat S, editors. Marine Genomics. Methods In Molecular Biology. Vol 1452. New York: Humana Press, 2016, 13-44. [DOI:10.1007/978-1-4939-3774-5_2] [PMID]
17. Medina M, Collins TM, Walsh PJ. mtDNA Ribosomal Gene Phylogeny Of Sea Hares In The Genus Aplysia (Gastropoda, Opisthobranchia, Anaspidea): Implications For Comparative Neurobiology. Syst Biol 2001; 50(5): 676-88. [DOI:10.1080/106351501753328802] [PMID]
18. Gosliner TM. Origins And Relationships Of Primitive Members Of The Opisthobranchia (Mollusca: Gastropoda). Biol J Linn Soc 1981; 16(3): 197-225. [DOI:10.1111/j.1095-8312.1981.tb01848.x]
19. Gosliner TM. Morphological Parallelism In Opisthobranch Gastropods. Malacologia 1991; 32(2): 313-27.
20. Mikkelsen PM. Monophyly Versus The Cephalaspidea (Gastropoda, Opisthobranchia), With An Analysis Of Traditional Cephalaspid Characters. Boll Malacol 1993; 29: 115-38.
21. Eales NB. Aplysiids From The Indian Ocean, With A Review Of The Family Aplysiidae. J Mollus Stud 1944; 26(1): 1-22.
22. Marcus ED. On The Anaspidea (Gastropoda: Opisthobranchia) Of The Warm Waters Of The Western Atlantic. Bull Mar Sci 1972; 22(4): 841-74.
23. Burn R. Opisthobranchs (Subclass Opisthobranchia). In: Shepherd SA, Thomas IM, editors. Marine Invertebrates Of Southern Australia. Part 2. Adelaide: South Australian Government Printer, 1989, 725-88.
24. Patwardhan A, Ray S, Roy A. Molecular Markers In Phylogenetic Studies-A Review. J Phylogen Evolution Biol 2014; 2(2): 1-9.
25. Simon C, Frati F, Beckenbach A, et al. Evolution, Weighting, And Phylogenetic Utility Of Mitochondrial Gene Sequences And A Compilation Of Conserved Polymerase Chain Reaction Primers. Ann Entomol Soc Am 1994; 87(6): 651-701. [DOI:10.1093/aesa/87.6.651]
26. Eales NB. Revision Of The World Species Of Aplysia (Gastropoda, Opisthobranchia). Bull Br Mus Nat Hist Zool 1960; 5: 267-404. [DOI:10.5962/bhl.part.11725]
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
