زمینه: اشریشیا کلی یوروپاتوژن، شایع‌ترین پاتوژن جدا شده از مجاری ادراری محسوب می‌شود، که اغلب از فلور روده‌ای خود فرد منشأ می‌گیرد. عفونت مجاری ادراری، یکی از بیماری‌های شایع عفونی در انسان است. از آنجایی‌که، مرحله اتصال در کلونیزاسیون باکتری نقش مهمی دارد و سپس عفونت ایجاد می‌گردد، یکی از راه‌کارهای مهم مهار عفونت، مهار اتصال باکتری می‌باشد. به دلیل اینکه، پروتئین fimH به‎عنوان ادهسین عمل می‌نماید، برای تهیه واکسن کاندیدی مناسب می‌باشد. مواد و روش‌ها: ابتدا استخراج DNA ژنومیک باکتری اشریشیا کلی سویهATCC ٣٥٢١٨ انجام شد. پس از طراحی پرایمر برای ژن fimH، واکنش PCR، ابتدا با آنزیم Taq DNA Polymerase و سپس با آنزیمpfu DNA Polymerase صورت گرفت. از پلاسمید (SK-)pBluescript ، برای کلون محصول PCR استفاده شد. با استفاده از نرم‌افزار ClustalW و MEGA4 توالی به‌دست آمده با توالی ژنی موجود با تک ژن همترازگردید و تنوع ژنی آن بررسی گردید. یافته‌ها: پس از توالی یابی ژن fimH کلون شده، با استفاده از نرم‌افزار ClustalW و MEGA4 نتیجه این سکانس با توالی سویه‎های اشریشیا کلی واجد ژن fimH موجود در بانک ژن همتراز شدند و بر اساس این همترازی، ناحیه N ترمینال در سطح پروتئین و DNA حفاظت شده می‌باشد. نتیجه‌گیری: ناحیه‌ی N ترمینال ژن fimH در بین سویه‌های بالینی یک توالی حفاظت شده است و می‌توان از آن برای طراحی واکسن علیه عفونت ادراری استفاده نمود.