زمینه: شیر منبعی ارزشمند، از مواد مغذی است که میکرو ارگانیسم‌ها در صورت مساعد بودن شرایط می‌توانند در آن رشد کنند. این بررسی به‌منظور ارزیابی کیفیت میکروبی شیرهای پاستوریزه و استریلیزه موجود در شهر بوشهر صورت گرفت. مواد و روش‌ها: این مطالعه توصیفی در پاییز و اوایل زمستان سال 1389 انجام شد. در این مطالعه 11 مارک شامل 6 مارک پاستوریزه و 5 مارک استریلیزه و در مجموع 160 نمونه مورد بررسی و آزمایش قرار گرفتند. آزمایشات میکروبی انجام شده شامل باکتری‌های هتروتروف، کلیفرم کل و اشرشیاکلی (E.coli) طبق استاندارد متد بود. در این تحقیق، ارتباط بین رشد باکتری‌های هتروترف و کلی فرم با پارامترهای دما و اختلاف زمان بین تاریخ تولید و تاریخ نمونه‌برداری (دوره نگهداری) سنجیده شد و از نرم‌افزار SPSS نسخه 16 جهت آنالیز استفاده شد. یافته‌ها: نتایج نشان داد که از 98 نمونه پاستوریزه 7/35 درصد نمونه‌ها دارای آلودگی باکتریایی هتروترفیک (HPC) و 2/15 درصد دارای آلودگی کلی فرم کل بودند و در 62 نمونه استریلیزه هیچ‌گونه آلودگی مشاهده نشد. میانگین باکتری‌های هتروتروف در شیر پاستوریزه، از استاندارد ملی ایران بسیار بالاتر بود. نتیجه‌گیری: نتایج نشان داد که رشد باکتری‌های هتروترف و کلی فرم با دما دارای رابطه مستقیم و معنی‌داری می‌باشد ولی با دوره نگهداری رابطه‌ی معنی‌داری به‌دست نیامد.