زمینه: تشخیص آلودگی میکروبی آب شرب به‌روش کشت علاوه بر هزینه بری، زمان‌بر بوده و بر حسب میزان آلودگی چند روز به‌طول می‌انجامد. این درحالی است که شهروندان در این زمان از آب مورد بررسی استفاده می‌نمایند. روش‌های ملکولی دارای حساسیت و سرعت عمل بالایی و زمان عملیاتی کمتری هستند. در این تحقیق روش Multiplex PCR جهت ارزیابی سریع میکروبی آب از نظر کلی فرم، Ecoli و تشخیص احتمالی باکتری‌های VBNC در آزمایشگاه باکتریولوژی شرکت آب و فاضلاب استان مرکزی و مرکز تحقیقات سل و عفونی کودکان در فاز عملیاتی اجرا گردید. مواد و روش‌ها: تشخیص سریع کلی فرم با کمک آمپلی فیکاسیون ژن‌های lacZ و uidA در واکنش Multiplex PCR طراحی و اجرا گردید. 80 نمونه آب شرب شهر اراک شامل 41 نمونه چاه، 36 نمونه شبکه و 3 نمونه مخزن در این بررسی جمع‌آوری شده و با استفاده از آمپلی‌فیکاسیون ژن‌های lacZ و uidA مورد آزمایش Multiplex PCR قرار گرفتند. همچنین آزمایش MPN به‌عنوان روشی استاندارد و جهت مقایسه یافته‌ها، روی تمامی نمونه‌ها انجام شد. روش‌های Multiplex PCR و MPNروی باکتری استاندارد، باکتری‌های خالص شده از نمونه‌های MPN مثبت و نیز CRM(Certificated Reference Material، (سویه مرجع) انجام گردیدند. یافته‌ها: در نمونه‌های چاه، شبکه و مخزن، اکثر نمونه‌ها در هر دو روش نتایج مشابه را نشان دادند. نتیجه PCR روی باکتری استاندارد، کشت‌های خالص شده نمونه‌های MPN مثبت و CRM نیز تأیید کننده روش PCR بود. پنج نمونه دارای PCR مثبت و نتیجه MPN منفی گزارش شدند. زمان کل عملیات PCR با تغییر فاکتورها به حدود یکصد و پنج دقیقه کاهش یافت. نتیجه‌گیری: روش Multiplex PCR، امکان شناسایی همزمان باکتری‌های کلی فرم کل و اشرشیاکلی را در آب آشامیدنی فراهم نمود.