زمینه: بابونه دارای خاصیت دارویی و بهداشتی به‌ویژه اثرات ضد التهابی و ضد اسپاسم است. ترکیبات ثانویه آن مانند سسکویی‌ترپن‌ها و فلاونوییدها در اثر تنوع وراثتی و محیطی تغییر می‌کند. استان بوشهر دارای رویشگاه‌های گوناگون بابونه است که اطلاعات کمی راجع به آن‌ها وجود داشت. بنابراین در این مطالعه گونه‌های مختلف بابونه و ترکیبات ثانویه آن‌ها مورد شناسایی قرار گرفته است. مواد و روش‌ها: در این مطالعه میدانی از رویشگاه‌های بابونه در استان بوشهر نمونه‌برداری و پس از شناسایی گونه‌ها مبادرت به تهیه عصاره و اسانس آن‌ها مطابق دارونامه گیاهی ایران و ایالات متحده گردید. اسانس به روش تقطیر با آب (Water distillation liquid) استخراج و با دستگاه کروماتوگرافی گازی متصل به طیف‌سنج جرمی (GC/MASS) تجزیه گردید. همچنین عصاره متانولی (Methanolic Extract) بابونه به روش بالن رفلاکس (Flask reflux condenser stirrer) برای سنجش ترکیب فلاونوییدی آن توسط دستگاه کروماتوگرافی مایع با کارکرد بالا (HPLC)، استخراج گردید. یافته‌ها: پس از غربال‌گری گونه‌های موسوم به بابونه؛ دو گونه از جنس آنتمیس به نام‌های Anthemis pseudocotula, Anthemis austro-iranica و دو گونه از جنس ماتریکاریا به اسامی Matricaria recotita و Matricaria aurea شناسایی گردید. برخلاف گونه‌های آنتمیس، گونه‌های ماتریکاریا دارای اسانس و ترکیبات ثانویه مفید بودند. از جمله اینکهیافته‌های تجزیه شیمیایی نشان داد که گونه‌های ماتریکاریا به‌طور میانگین 6/0 درصد اسانس و حاوی آپیژنین 7-گلوکوزید (Apigenin 7-glucoside) (62/0 درصد)، کامازولن (Chamazulen) (5/5 درصد) و ترکیبات دیگری نظیر مشتقات بیزابولول، بیزابولن و فارنزن می‌باشند. نتیجه‌گیری: در استان بوشهر دو گونه وحشی بابونه به نام‌های Matricaria recotita و Matricaria aurea یافت شد. این گونه‌ها دارای مقدار قابل ملاحظه‌ای اسانس و ترکیبات ثانویه مانند کامازولن، آلفا بیزابولول و آپیژنین بوده که امکان کشت و تولید تجارتی آن‌ها وجود دارد.