زمینه: تشخیص سریع و درمان دارویی مناسب اولین اقدام برای کنترل اپیدمی سل و سل مقاوم به دارو است. در مطالعه حاضر روش مولکولی PCR-RFLP جهت تشخیص سریع سویه‌های کلینیکی و تعیین مقاومت آن به ایزونیازید مورد استفاده قرار گرفت. مواد و روش‌ها: در مطالعه حاضر تعداد 87 نمونه کلینیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس مورد بررسی قرار گرفت. ابتدا با کمک PCR جستجو و تکثیر ژن katG قطعه bp620 برای تأیید مولکولی در تشخیص باکتری صورت گرفت. سپس محصول PCR با کمک RFLP و با استفاده از آنزیم مناسب برش داده شده و الگوهای به‌دست آمده در الکتروفورز، به منظور تشخیص موتاسیون در 315 katG مورد بررسی قرار گرفت. جهت تأیید نهایی، تعدادی از نمونه‌ها تعیین توالی شدند. یافته‌ها: در مطالعه حاضر تمامی سویه‌های مورد مطالعه باند bp620 را نشان دادند که مؤید مایکوباکتریوم توبرکلوزیس بود. علاوه‌بر این، از 46 سویه مقاوم به ایزونیازید، در روش RFLP-PCR نشان داده شد که 44 سویه دارای موتاسیون در Ser315Thr ژن katG بودند. از 41 سویه حساس هیچ کدام در کدون 315 katG موتاسیون نداشتند. از طرفی نتایج تعیین توالی، تأیید کننده‌ی تعیین موتاسیون به‌روش مولکولی مورد استفاده بود. در این تحقیق برای تست RFLP-PCR حساسیت 6/95 درصد (98/0-85/0:CI 95 درصد) و ویژگی 100 درصد (1/0-91/0:CI 95 درصد) محاسبه گردید. نتیجه‌گیری: نتایج مطالعه حاضر نشان می‌دهد که روش PCR-RFLP قادر به شناسایی مقاومت به ایزونیازید در 95 درصد موارد بوده و می‌تواند در یک آزمایش به‌صورت همزمان جهت تشخیص سل ریوی و تعیین مقاومت داروئی به ایزونیازید در سویه‌های کلینیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس مورد استفاده قرار گیرد.