مجله «طب جنوب» در بانک‌های اطلاعاتی و مجموعه‌های زیر نمایه می‌شود:

Scopus
Directory of Open Access Journals (DOAJ)
EBSCO (Academic Search Complete, academic search premier, CINAHL Plus with Full Text, CINAHL Plus)
Google Scholar
Islamic World Science Citation Center (ISC)
Scientific Information Database (SID)
Magiran
Ulrich