fa شناسایی مولکولی خرگوش دریایی خلیج‌فارس (Aplysia sp.) بر اساس توالی ژن 16s rRNA عمومى General پژوهشي Original <div style="text-align: justify;"><strong><u><span style="letter-spacing:-.2pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">هدف</span></span></span></span></u></strong><strong><span style="letter-spacing:-.2pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">: خرگوش‌های دریایی جنس </span></span></span></span></strong><strong><span dir="LTR" style="letter-spacing:-.2pt;"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">Aplysia</span></span></span></strong><strong><span style="letter-spacing:-.2pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> از جمله نرم‌تنان مورد توجه محققان مختلف برای بررسی فیلوژنی، ترکیبات شیمیایی زیست فعال و دستگاه عصبی هستند. این نرم‌تنان رژیم غذایی گیاهخواری دارند و به منظور دفاع از خود، ترکیبات شیمیایی (مرکب) تولید می‌کنند. تحقیق حاضر به شناسایی مولکولی خرگوش دریایی خلیج‌فارس (شهرستان بوشهر) با استفاده از توالی ژن </span></span></span></span></strong><strong><span dir="LTR" style="letter-spacing:-.2pt;"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">16s rRNA</span></span></span></strong><strong><span style="letter-spacing:-.2pt;"><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> پرداخته است. </span></span></span></span></strong><br> <strong><u><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">مواد و روش‌ها</span></span></span></u></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">:</span></span></span></strong> <strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">نمونه‌برداری از سواحل شهرستان بوشهر صورت گرفت. </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">DNA</span></span></span></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> کل با روش </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">CTAB</span></span></span></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> استخراج شد و </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">DNA</span></span></span></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> هدف با پرایمرهای یونیورسال </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">16sar-L</span></span></span></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> و </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">16sbr-H</span></span></span></strong> <strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">تکثیر گشت. برای تحلیل‌های فیلوژنی از دو روش بیشینه درست‌نمایی و</span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">Bayesian&nbsp;</span></span></span></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">(به‌ترتیب با نرم‌افزارهای </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">RAxML</span></span></span></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> و </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">Mr Bayes</span></span></span></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">) استفاده شد. برای الگوریتم </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">ML</span></span></span></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">، 1000 تکرار بوت استراپ تولید شد. در روش </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">Bayesian</span></span></span></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> نیز برنامه برای 20 میلیون نسل اجرا و برای هر 1000 نسل یک درخت نمونه‌برداری شد. </span></span></span></strong><br> <strong><u><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">یافته‌ها:</span></span></span></u></strong> <strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">بر اساس درخت حاصل از روش&nbsp;</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">Likelihood&nbsp;</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">&nbsp;</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">Maximum</span></span></span></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">، خرگوش دریایی خلیج‌فارس و </span></span></span><em><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">dactylomela</span></span></span></em><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">&nbsp; </span></span></span><em><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">Aplysia</span></span></span></em></strong> <strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">با 87 درصد بوت استراپ و احتمال پسین بالا (1=</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">PP</span></span></span></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">) در یک کلاد قرار گرفتند. درخت فیلوژنی به دست آمده از روش </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">Bayesian</span></span></span></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> نیز توپولوژی مشابهی نشان داد و در این روش نیز گونه خلیج‌فارس با 8/95 درصد بوت استراپ و احتمال پسین 1 در گروه خواهری&nbsp;</span></span></span></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">&nbsp;</span></span></span></strong><strong><em><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">A. dactylomela</span></span></span></em></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> حمایت شد.</span></span></span></strong><br> <strong><u><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">نتیجه‌گیری:</span></span></span></u></strong> <strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">نتایج حاصل از آنالیز مولکولی توالی ژن </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">16S rRNA</span></span></span></strong> <strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">نشان دهنده وجود یک گونه احتمالاً جدید از خرگوش‌های دریایی در منطقه خلیج‌فارس است، اما به منظور گزارش قطعی موقعیت گونه حاضر، انجام آنالیزهای فیلوژنی با استفاده از ژن </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">COI</span></span></span></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:B Lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> و همچنین ویژگی‌های مورفولوژیک گونه لازم است.</span></span></span></strong></div> <div style="text-align: justify;"><strong><u>Background</u></strong><strong>:</strong> Sea hares of the Aplysia genus are among the mollusks of interest for various researchers to study their phylogeny, bioactive compounds and the nervous system. These mollusks are herbivorous and produce chemical compounds (ink) to defend themselves. The present study provided molecular&nbsp;identification of the Persian Gulf (Bushehr city) sea hare using 16s rRNA gene sequence.<br> <strong><u>Materials and Methods:</u></strong> Sampling was done in coastal waters of Bushehr (Bushehr Province, Iran). Total DNA was extracted using CTAB method and target DNA was amplified by 16sar-L and 16sbr-H universal primers. For phylogenetic analysis, both Maximum Likelihood and Bayesian methods (by RAxML and Mr. Bayes programs, respectively) were used. For ML algorithm, 1000 bootstrap replicates were generated. In Bayesian approach, the program was implemented for 20 million generations and one tree for every 1000 generations was sampled.<br> <strong><u>Results:</u></strong> Based on the obtained tree from ML method, Persian Gulf sea hare and <em>Aplysia dactylomela</em> were placed in a clade with 87% bootstrap and high posterior probability (PP=1). The obtained phylogenetic tree from Bayesian approach showed similar topology. The Persian Gulf sea hare with 95.8% bootstrap and PP=1 was again supported in the sister group of A. dactylomela.<br> <strong><u>Conclusion</u></strong><strong>:</strong> The results from the molecular analysis of 16s rRNA gene sequence indicate probable&nbsp;existence of a new species of sea hare in the Persian Gulf region. In order to determine the exact position of the present species, the phylogenetic analysis of COI gene sequence and morphological characteristics are&nbsp;essentials. <span dir="RTL"></span></div> خرگوش دریایی, Aplysia, خلیج‌فارس, فیلوژنی مولکولی, 16s rRNA Sea hare, Aplysia, Persian Gulf, Molecular phylogenetic, 16s rRNA. 78 87 http://ismj.bpums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1-135&slc_lang=fa&sid=1 Parva Dehghani پروا دهقانی 5700319475328460012769 5700319475328460012769 No Department of Marine biology, School of Marine Science and Oceanography, Khorramshahr University of Marine Science and Technology, Khorramshahr, Iran گروه زیست دریا، دانشکده علوم دریایی و اقیانوسی، دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر، خرمشهر، ایران Hossien Zolgharnein حسین ذولقرنین zolgharnein@kmsu.ac.ir 5700319475328460012770 5700319475328460012770 Yes Department of Marine biology, School of Marine Science and Oceanography, Khorramshahr University of Marine Science and Technology, Khorramshahr, Iran گروه زیست دریا، دانشکده علوم دریایی و اقیانوسی، دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر، خرمشهر، ایران Iraj Nabipour ایرج نبی‌پور 5700319475328460012771 5700319475328460012771 No The Persian Gulf Marine Biotechnology Research Center, The Persian Gulf Biomedical Sciences Research Institute, Bushehr University of Medical Sciences, Bushehr, Iran مرکز تحقیقات زیست فناوری دریایی خلیج‌فارس، پژوهشکده علوم زیست پزشکی خلیج‌فارس، دانشگاه علوم پزشکی بوشهر، بوشهر، ایران Soheila Matroodi سهیلا مطرودی 5700319475328460012772 5700319475328460012772 No Department of Marine biology, School of Marine Science and Oceanography, Khorramshahr University of Marine Science and Technology, Khorramshahr, Iran گروه زیست دریا، دانشکده علوم دریایی و اقیانوسی، دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر، خرمشهر، ایران Mohsen Mohammadi محسن محمدی 5700319475328460012773 5700319475328460012773 No The Persian Gulf Marine Biotechnology Research Center, The Persian Gulf Biomedical Sciences Research Institute, Bushehr University of Medical Sciences, Bushehr, Iran مرکز تحقیقات زیست فناوری دریایی خلیج‌فارس، پژوهشکده علوم زیست پزشکی خلیج‌فارس، دانشگاه علوم پزشکی بوشهر، بوشهر، ایران