fa تحلیل بیوانفورماتیکی نئوآنتی‌ژن‌های گلیوما: معرفی اهداف نوین برای ایمنی‌درمانی خون و سرطان Blood and cancer پژوهشي Original <div style="text-align: justify;"><span style="font-size:12pt"><span style="line-height:115%"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#1f4e79">زمینه:</span></span></span></span></b> <span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#0d0d0d">گلیوما یکی از شایع‌ترین و تهاجمی‌ترین سرطان‌های مغزی است که درمان آن به‌دلیل ناهمگونی تومور و مقاومت درمانی با چالش‌های فراوان روبرو است. نئوآنتی‌ژن‌ها، آنتی‌ژن‌های خاص توموری ناشی از جهش‌های ژنتیکی، به‌عنوان اهداف امیدوارکننده برای ایمنی‌درمانی شناخته شده‌اند. این مطالعه با بهره‌گیری از ابزارهای پیشرفته بیوانفورماتیکی به شناسایی نئوآنتی‌ژن‌های بالقوه در درمان احتمالی گلیوما پرداخته است.<b><span style="letter-spacing:-.2pt"></span></b></span></span></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:12pt"><span style="line-height:115%"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#1f4e79">مواد و روش‌ها:</span></span></span></span></b><b> </b><span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#0d0d0d">ابتدا داده‌های بیان ژن دو نوع گلیوما درجه بالا و کم از پایگاه داده </span></span></span></span><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#0d0d0d">GEPIA2</span></span></span></span><span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#0d0d0d"> استخراج و سپس ژن‌های با افزایش بیان معنی‌دار در بیماران گلیوما شناسایی شدند. سپس با بررسی جایگاه سلولی، جهش‌های گزارش‌شده و میزان بیان رونوشت و پروتئین در پایگاه‌های داده اختصاصی بیوانفورماتیکی و سرطان، ژن‌های مناسب به‌عنوان نئوآنتی‌ژن کاندید در ایمنی‌درمانی گلیوما انتخاب شدند. همچنین ارتباط این ژن‌ها با زیرگروه‌های مختلف گلیوما و بقای بیماران بررسی شد.</span></span></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:12pt"><span style="line-height:115%"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#1f4e79">یافته‌ها:</span></span></span></span></b> <span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#0d0d0d"><span style="letter-spacing:-.1pt">چهار ژن </span></span></span></span></span><i><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#0d0d0d"><span style="letter-spacing:-.1pt">SERPINA3</span></span></span></span></span></i><span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#0d0d0d"><span style="letter-spacing:-.1pt">، </span></span></span></span></span><i><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#0d0d0d"><span style="letter-spacing:-.1pt">C3</span></span></span></span></span></i><span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#0d0d0d"><span style="letter-spacing:-.1pt">، </span></span></span></span></span><i><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#0d0d0d"><span style="letter-spacing:-.1pt">TNC</span></span></span></span></span></i><span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#0d0d0d"><span style="letter-spacing:-.1pt"> و </span></span></span></span></span><i><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#0d0d0d"><span style="letter-spacing:-.1pt">ITGB2</span></span></span></span></span></i><span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#0d0d0d"><span style="letter-spacing:-.1pt"> به‌عنوان نئوآنتی‌ژن‌های بالقوه و جدید شناسایی شدند. این ژن‌ها دارای بیان بالا و جهش‌های متعدد بوده و ارتباط مستقیمی با بقای بیماران و پیشرفت تومور نشان دادند. همچنین بیان این ژن‌ها در زیرگروه‌های تهاجمی گلیوما بیشتر بوده و بر فرار از سیستم ایمنی و مهاجرت سلولی تأثیرگذار هستند.</span></span></span></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:12pt"><span style="line-height:115%"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#1f4e79">نتیجه‌گیری:</span></span></span></span></b> <span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#0d0d0d">یافته‌های این مطالعه اهداف جدیدی برای ایمنی‌درمانی گلیوما معرفی می‌کند. پروتئین </span></span></span></span><i><span dir="LTR" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#0d0d0d">SERPINA3</span></span></span></span></i><span lang="FA" style="font-size:10.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#0d0d0d"> علاوه‌بر بیان بالا و جهش‌های فراوان در گلیوما، به‌دلیل تأثیر زیاد بر بقای بیماران، می‌تواند اولویت اصلی در مطالعات آتی ایمنی‌درمانی گلیوما باشد. تأیید آزمایشگاهی و طراحی درمان‌های نئوآنتی‌ژنی، گام‌های بعدی این پژوهش خواهند بود.</span></span></span></span></span></span></span></span></span></div> <div style="text-align: justify;"><span style="font-size:12pt"><span style="line-height:115%"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span style="font-size:9.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#002060">Background:</span></span></span></span></b> <span style="font-size:9.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#404040">Glioma is one of the most prevalent and aggressive brain cancers, and its treatment poses significant challenges due to tumor heterogeneity and therapeutic resistance. Neoantigens, tumor-specific antigens arising from genetic mutations, have been recognized as promising targets for immunotherapy. This study employs advanced bioinformatics tools to identify potential neoantigens for the prospective treatment of glioma.</span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:12pt"><span style="line-height:115%"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span style="font-size:9.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#002060">Materials and Methods:</span></span></span></span></b> <span style="font-size:9.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#404040"><span style="letter-spacing:-.1pt">Gene expression data for high- and low-grade gliomas were extracted from the GEPIA2 database, followed by the identification of significantly upregulated genes in glioma patients. Through analysis of cellular localization, reported mutations, and transcript/protein expression levels using specialized bioinformatics and cancer-related databases, candidate genes for glioma immunotherapy were selected as potential neoantigens. Additionally, their association with glioma subtypes and patient survival was examined.</span></span></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:12pt"><span style="line-height:115%"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span style="font-size:9.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#002060">Results:</span></span></span></span></b> <span style="font-size:9.0pt"><span style="line-height:115%"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#404040">Four genes, including <i>SERPINA3</i>, <i>C3</i>, <i>TNC</i>, and <i>ITGB2</i> were identified as novel potential neoantigens. These genes exhibit high expression levels and multiple mutations, demonstrating a direct correlation with patient survival and tumor progression. Moreover, their expression is elevated in aggressive glioma subtypes, influencing immune evasion and cellular migration.</span></span></span></span></span></span></span><br> <b><span style="font-size:9.0pt"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#002060">Conclusion:</span></span></span></b> <span style="font-size:9.0pt"><span iransans="" style="font-family:"><span style="color:#404040">The findings of this study introduce new targets for glioma immunotherapy. Among them, <i>SERPINA3</i>, due to its high expression, extensive mutations, and significant impact on patient survival, may serve as a primary focus for future immunotherapeutic studies. Further experimental validation and neoantigen-based therapeutic designs will constitute the next steps in this investigation.</span></span></span></div> نئوآنتی‌ژن, گلیوما, سرطان, جهش Neoantigen, Glioma, Neoplasms, Mutation 473 490 http://ismj.bpums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1115-47&slc_lang=fa&sid=1 Zahra Bazi زهرا بزی 5700319475328460018554 5700319475328460018554 No Department of Medical Biotechnology, School of Advanced Medical Technologies, Golestan University of Medical Sciences, Gorgan, Iran<br>Cancer Research Center, Golestan University of Medical Sciences, Gorgan, Iran گروه بیوتکنولوژی پزشکی، دانشکده فناوری‌های نوین پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی گلستان، گرگان، ایران<br>مرکز تحقیقات سرطان، دانشگاه علوم پزشکی گلستان، گرگان، ایران Mahdi Aalikhani مهدی عالیخانی aalikhanip@gmail.com 5700319475328460018555 5700319475328460018555 Yes Department of Medical Biotechnology, School of Paramedicine, Bushehr University of Medical Sciences, Bushehr, Iran گروه بیوتکنولوژی پزشکی، دانشکده پیراپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی بوشهر، بوشهر، ایران