fa شناسایی جدایه‌های اشرشیا کلی جدا شده از آب سواحل بوشهر با روش PCR میکروب‌شناسی و ایمنولوژی Microbiology and Immunology پژوهشي Original <div style="text-align: justify;"><strong><u><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">زمینه:</span></span></span></u></strong> <strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">تشخیص با روش‌های استاندارد نتوانسته است تمام مشکلات تشخیصی <em>اشرشیا کلی</em> را حل نماید. اما با گسترش مطالعات ژنومیک، به نظر می‌رسد واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (</span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">PCR</span></span></span></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">) توان کافی برای حل این مشکل را داشته باشد. هدف از این مطالعه تشخیص جدایه‌های محیطی <em>اشرشیا کلی با </em>کاربرد روش </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">PCR</span></span></span></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> و استفاده از پرایمرهای اختصاصی برای قطعات ژن‌های </span></span></span></strong><strong><em><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">lacZ</span></span></span></em></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">، </span></span></span></strong><strong><em><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">uidA</span></span></span></em></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">، </span></span></span></strong><strong><em><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">cyd</span></span></span></em></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> و </span></span></span></strong><strong><em><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">lacY</span></span></span></em></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> بود.</span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:10.0pt;"></span></span></span></strong><br> <strong><u><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">مواد و روش‌ها:</span></span></span></u></strong> <strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">شناسایی ملکولی <em>اشرشیا کلی</em> با آزمایش‌های </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">PCR</span></span></span></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> و پرایمرهای چهارگانه فوق بر روی </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">DNA</span></span></span></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> ژنومی تخلیص شده از 120 جدایه محیطی <em>اشرشیا کلی</em> به همراه سویه‌های استاندارد <em>شیگلا</em> و سویه‌های انتروهموراژیک <em>اشرشیا کلی </em>به عنوان کنترل انجام شد. کلیه جدایه‌های محیطی مورد استفاده در یک مطالعه قبلی از آب سواحل بوشهر جداسازی و با روش‌های استاندارد باکتری‌شناسی شناسایی شده و سپس جهت مطالعات بعدی در دمای منفی 70 نگهداری شده‌اند.</span></span></span></strong><br> <strong><u><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">یافته‌ها:</span></span></span></u></strong> <strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">پرایمرها قدرت شناسایی اهداف خود را در جدایه‌های محیطی و سویه‌های استاندارد داشتند. مشخص گردید به‌طور هم‌زمان چهار قطعه مربوط به ژن‌های </span></span></span></strong><strong><em><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">lacZ</span></span></span></em></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">، </span></span></span></strong><strong><em><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">uidA</span></span></span></em></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">، </span></span></span></strong><strong><em><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">cyd</span></span></span></em></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> و </span></span></span></strong><strong><em><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">lacY</span></span></span></em></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> فقط در جدایه‌ها و سویه‌های <em>اشرشیا کلی</em> وجود دارند. این روش </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">PCR</span></span></span></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> قدرت جداسازی <em>اشرشیا کلی</em> را از <em>شیگلا</em>، به‌عنوان نزدیک‌ترین جنس فیلوژنیک<em>،</em> داشته و برخلاف روش‌های کلاسیک، ‌توانست سویه انتروهموراژیک را به عنوان <em>اشرشیا کلی</em> تشخیص دهد.</span></span></span></strong><br> <strong><u><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">نتیجه‌گیری:</span></span></span></u></strong> <strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">روش </span></span></span></strong><strong><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">PCR</span></span></span></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> طراحی ‌شده برای قطعات ژن‌های </span></span></span></strong><strong><em><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">lacZ</span></span></span></em></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">، </span></span></span></strong><strong><em><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">uidA</span></span></span></em></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;">، </span></span></span></strong><strong><em><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">cyd</span></span></span></em></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> و </span></span></span></strong><strong><em><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-size:9.0pt;">lacY</span></span></span></em></strong><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:10.0pt;"> دقت لازم برای شناسایی و جداسازی <em>اشرشیا کلی </em>از گونه‌های بسیار مشابه را داشته بنابراین به‌عنوان یک روش ملکولی قابل ‌اطمینان در تشخیص <em>اشرشیا کلی</em> معرفی می‌گردد.</span></span></span></strong></div> <div style="text-align: justify;"><strong><u>Background:</u></strong> Standard methods of identification have not been able to solve all issues concerning <em>E. coli</em>. With the development of genomic studies, PCR appears promising to deal with the shortcomings. This study aimed to utilize PCR with specific primers for<em> lacZ, uidA, cyd,</em> and <em>lacY</em> gene segments to identify<br> environmental <em>E. coli</em> isolates.<br> <strong><u>Materials and methods:</u></strong> PCR and the aforementioned four primers were used for molecular identification of <em>E. coli</em> on purified genome DNA from 120 environmental <em>E. coli</em> isolates, standard strains of <em>Shigella,</em> and Enterohaemorrhagic <em>E. coli </em>strain as controls. All environmental <em>E. coli</em> isolates were isolated from Bushehr coastal areas and identified in a previous study by standard bacteriological methods and then<br> preserved in -70 ˚C for further studies.<br> <strong><u>Results:</u></strong> The primers successfully showed their ability to identify the targets in environmental isolates and standard strains. It is shown that the four PCR fragments related to <em>lacZ, uidA, cyd,</em> and <em>lacY</em> genes were observed only for <em>E. coli</em> isolates and strains.<br> <strong><u>Conclusion:</u></strong> PCR method proved capable to distinguish <em>E. coli</em> from S<em>higella</em> as the most phylogenetically related genus and contrary to the classical methods, it could detect enterohaemorrhagic strains as&nbsp;<em>Escherichia coli</em>.</div> اشرشیا کلی, میکروارگانیسم شاهد, شناسایی مولکولی, واکنش‌ زنجیره‌ای پلیمراز Escherichia coli. Indicator microorganism, Molecular identification, Polymerase Chain Reaction 383 392 http://ismj.bpums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1-69&slc_lang=fa&sid=1 Zahra Rahimi زهرا رحیمی 5700319475328460010697 5700319475328460010697 No Department of Microbiology and Parasitology, School of Medicine, Bushehr University of Medical Sciences, Bushehr, Iran گروه میکروب‌شناسی و انگل‌شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی بوشهر، بوشهر، ایران Abbas Bahador عباس بهادر 5700319475328460010698 5700319475328460010698 No Department of Microbiology, School of Medicine, Tehran University of Medical Sciences, Tehran, Iran گروه میکروب‌شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی تهران، تهران، ایران Masoud Azimzadeh مسعود عظیم‌زاده 5700319475328460010699 5700319475328460010699 No Department of Microbiology and Parasitology, School of Medicine, Bushehr University of Medical Sciences, Bushehr, Iran گروه میکروب‌شناسی و انگل‌شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی بوشهر، بوشهر، ایران Mohammadali Haghighi محمدعلی حقیقی mahaghighy@gmail.com 5700319475328460010700 5700319475328460010700 Yes The Persian Gulf Marine Biotechnology Research Center, The Persian Gulf Biomedical Sciences Research Institute, Bushehr University of Medical Sciences, Bushehr, Iran مرکز تحقیقات زیست فناوری دریایی خلیج‌فارس، پژوهشکده علوم زیست پزشکی خلیج‌فارس، دانشگاه علوم پزشکی بوشهر، بوشهر، ایران