زمینه: افزایش شیوع استافیلوکوکوس اورئوس مقاوم به متی‌سیلین (MRSA) در جوامع مختلف به روشنی دیده می‌شود و این مسئله درمان بیماران مبتلا به عفونت‌های ناشی از این باکتری را با مشکلات جدی مواجه کرده است. بنابراین این بررسی با هدف مقایسه روش‌های فنوتیپی (روش دیسک دیفیوژن) و ژنوتیپی (روش واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) جهت تشخیص استافیلوکوکوس اورئوس مقاوم به متی‌سیلین (MRSA) جدا شده از بیماران بیمارستان مرکزی شهر اراک انجام شده است. مواد و روش‌ها: در این بررسی توصیفی مقطعی تعداد 100 نمونه استافیلوکوکوس اورئوس درمدت یکسال از بیماران بیمارستان مرکزی شهر اراک جداسازی و مورد آزمایش قرار گرفت. ابتدا حساسیت نمونه‌ها نسبت به دیسک سفوکسیتین و اگزاسیلین به‌روش دیسک دیفیوژن مورد بررسی قرار گرفت. سپس وجود ژن mecA در سویه‌های مذکور با روش واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) ارزیابی شد و یافته ها از نظر حساسیت و ویژگی با هم و با استفاده از نرم‌افزارSPSS ویرایش 15 و آزمون کای دو مقایسه گردید. یافته‌ها: از 100 نمونه جدا شده از بیماران، 75 (75 درصد) نمونه به‌روش اگزاسیلین دیسک دیفیوژن، نسبت به اگزاسیلین مقاوم بودند، اما در روش سفوکسیتین دیسک دیفیوژن، 83 (83 درصد) نمونه نسبت به سفوکسیتین مقاومت داشتند، که البته سه نمونه مقاوم بدون ژن mecA بودند، در روش واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR)، 80 نمونه (80 درصد) دارای ژن mecA گزارش شد. که به‌ترتیب دارای حساسیت و ویژگی 75/93، 100، 100 درصد و100، 85، 100 درصد بودند. نتیجه‌گیری: یافته‌ها، بیانگر این است که روش اگزاسیلین دیسک دیفیوژن هرچند روشی فنوتیپی و ساده می‌باشد اما نسبت به‌روش سفوکسیتین دیسک دیفیوژن و واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) از حساسیت کمتری برخوردار است و جهت شناسایی استافیلوکوکوس اورئوس مقاوم به متی‌سیلین (MRSA) روشی قابل اطمینان نمی‌باشد. همچنین وجود سویه‌هایی با مقاوم نسبت به سفوکسیتین بدون ژن mecA، احتمالاً بیانگر بروز نوع دیگری از مقاومت و یا بروز نوعی موتاسیون در استافیلوکوکوس اورئوس مقاوم به متی‌سیلین می‌باشد.