زمینه: شیر به عنوان یک محیط کشت مناسب برای رشد و تکثیر انواع مختلف میکروارگانیسم‎ها عمل می کند. در طی مراحل تولید پنیر، برخی میکرو ارگانیسم ها مثل گونه‌های سالمونلا و استافیلوکوکوس آرئوس ممکن است باعث آلودگی آن شوند. با توجه به اینکه پنیر سنتی (غیر پاستوریزه) در مناطق مختلف شهری و روستایی جنوب ایران تحت شرایط غیر بهداشتی تولید می گردد، هدف از انجام این مطالعه، بررسی میزان آلودگی پنیرهای تازه سنتی با دو باکتری سالمونلا و استافیلوکوکوس آرئوس در شهرستان جهرم (جنوب ایران) بود. مواد و روش‌ها: تعداد 200 نمونه پنیر سنتی تازه تهیه شده در شرایط استریل و یخچالی از مناطق مختلف شهری و روستایی شهرستان جهرم جمع‎آوری گردید. به منظور بررسی آلودگی میکروبی، نمونه ها با روش های استاندارد میکروبیولوژی در آزمایشگاه مورد ارزیابی قرار گرفتند. یافته‌ها: از مجموع 200 نمونه پنیر 101 (5/50 درصد) نمونه آلودگی با استافیلوکوکوس آرئوس را نشان دادند. درهیچ‌کدام از نمونه ها آلودگی با گونه سالمونلا مشاهده نشد. نتیجه‎گیری: با در نظر گرفتن میزان آلودگی بالای پنیرهای سنتی در ایران، تولید و توزیع آنها باید تحت کنترل قرار گیرد و اطلاع رسانی کافی در مورد خطرات استفاده از آنها انجام شود. به منظور تعیین سایر عوامل مهم آلوده کننده شیر و فرآورده های آن و مرحله یا مراحلی از تولید که بیشترین آلودگی در آن صورت می گیرد، مطالعات جامع تر‎ضروری به نظر می رسد.