زمینه: در این تحقیق روش‌های مولکولی موجود جهت تیپ‌بندی اپیدمیولوژیک استاف اورئوس مقاوم به متی‌سیلین مانند روش الکتروفورز در ژل با میدان الکتریکی ضربان‌دار (PFGE)، تیپ‌بندی بر مبنای توالی‌یابی لوکوس‌های چندگانه (MLST)، تیپ‌بندی بر مبنای توالی‌یابی ژنی پروتئین A (Spa) Staphylococcus aureus protein A typing، تیپ‌بندی به‌روش واحد تکراری مستقیم (dru)Direct repeat unit typing و بررسی تنوع در کاست کروموزومی (SCCmec)Staphylococcal Cassette Chromosome mec از نظر قدرت تمایز مقایسه شده‌اند. مواد و روش‌ها: از 389 ایزوله که قبلاً بررسی اپیدمیولوژیکی مولکولی بر روی آن‌ها انجام شده بود 61 نمونه غیرتکراری انتخاب و تحت تیپ‌بندی با الکتروفورز در ژل با میدان الکتریکی ضربان‌دار و تیپ‌بندی به‌روش واحد تکراری مستقیم قرار گرفتند. شاخص تمایز سیمپسون جهت تعیین قدرت تمایز هر روش و ضریب اتورگرسیون جهت تعیین قدرت تیپ‌بندی محاسبه گردید. یافته‌ها: 61 سوش مورد مطالعه به‌ترتیب با روش PFGE، MLST، spa، SCCmec و dru به 7، 6، 6، 12 و 19 تیپ تقسیم شدند. ارزیابی قدرت تمایز برای هر روش طبقه‌بندی با شاخص تنوع سیمپسون روش‌های dru و PFGEرا به‌عنوان بیشترین قدرت تمایز تعریف کرد. نتیجه‌گیری: با این مطالعه می‌توان این‌گونه نتیجه‌گیری کرد که اگرچه تیپ‌بندی با روشdru روشی با قدرت تمایز بالا، ارزان و آسان جهت بررسی اپیدمیولوژیک سویه‌های استاف اورئوس مقاوم به متی‌سیلین از تیپ 239ST می‌باشد ولی استفاده از ترکیب این روش‌ها مثل (dru و PFGE) می‎تواند نتایج بهتری را جهت ارزیابی عفونت‌های بیمارستانی ارائه دهد.