زمینه: ایزونیازید یکی از داروهای خط اول درمان سل می‌باشد که مقاومت به آن به‌صورت فزاینده‌ای گزارش می‌شود. در مطالعه حاضر دو روش مولکولی جهت تشخیص سریع مقاومت سویه‌های کلینیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس به ایزونیازید طراحی و با نتایج سکوئنس مورد مقایسه قرار گرفتند. مواد و روش‌ها: در این مطالعه 60 سویه کلینیکی مایکوباکتریوم توبرکلوزیس، که با روش تعیین حساسیت دارویی (DST) مقاومت به ایزونیازید در آن‌ها اثبات شده، استفاده گردید. سه روش مولکولیSequencing ،PCR-RFLP و Allele Specific-PCR جهت تعیین موتاسیون در کدون 315 مرتبط با مقاومت به ژن katG مقایسه شدند. بدین منظور با کمک پرایمرهای اختصاصی که قادر به تشخیص موتاسیون در این کدون بودند، روش آلل اسپسفیک اجرا گردید. علاوه بر این، در روش PCR-RFLP از آنزیم HpaII جهت برش آنزیمی محصولPCR استفاده شد، عدم برش توسط آنزیم به‌عنوان رخداد موتاسیون در نظر گرفته شد. یافته‌ها: بدین‌منظور سویه‌های حساس، مقاوم به دارو و سویه استاندارد H37Rv مورد استفاده قرار گرفتند. از سویه‌های مورد مطالعه، تعداد 27 سویه مقاوم و 33 سویه حساس به ایزونیازید بودند. نتایج سکوئنس به‌عنوان استاندارد طلایی مشخص نمود که AS-PCR و PCR-RFLP به‌خوبی قادر به تشخیص موتاسیون در کدون 315 در سویه‌های مقاوم فنوتیپی با حساسیت و ویژگی به‌ترتیب 48/81 درصد و 100 درصد بودند. نتیجه‌گیری: نتایج مطالعه حاضر نشان می‌دهد که روش‌های PCR-RFLP و AS-PCR طراحی شده می‌توانند به‌عنوان روش‌های ساده و سریع برای تعیین حساسیت و مقاومت به ایزونیازید در سویه‌های مایکوباکتریوم توبرکلوزیس مورد استفاده قرارگیرند. پیشنهاد می‌شود جهت کاهش ریسک خطا، با توجه به ساده و کم هزینه بودن به‌صورت همزمان از هر دو تست برای تشخیص مقاومت به ایزونیازید استفاده شود.