زمینه: هلیکوباکتر پیلوری یک باکتری گرم منفی می‌باشد که عفونت آن با اختلالات معدی- روده‌ای در ارتباط است. شیوع عفونت هلیکوباکتر پیلوری در کشورهای مختلف و حتی در نواحی گوناگون یک کشور می‌تواند متفاوت باشد. به منظور پایه‌گذاری یک سیاست صحیح برای پیشگیری و کنترل عفونت این باکتری و اصلاح عوامل خطر اصلاح‌پذیر، نیاز به انجام مطالعات اپیدمیولوژیک در نواحی مختلف می‌باشد. هدف از این مطالعه، تعیین شیوع عفونت هلیکوباکتر پیلوری در بیماران مبتلا به اختلالات قسمت‌های فوقانی مجرای گاسترواینتستینال با استفاده از روش هیبریدیزاسیون در موضع توسط پروب‌های فلوئورسنت (FISH) و همچنین بررسی برخی عوامل مرتبط با آن در بندر بوشهر بود. مواد و روش‌ها: نمونه بیوپسی معده از 310 بیمار مبتلا به اختلالات بخش‌های فوقانی مجرای گاسترواینتستینال که برای انجام اندوسکوپی پذیرش شده بودند، گرفته شد. به منظور تشخیص هلیکوباکتر پیلوری در نمونه‌ها، از روش FISH استفاده شد. از محاسبه نسبت شانس (OR) با استفاده از آزمون رگرسیون لجستیک جهت بررسی رابطه عوامل مختلف با عفونت هلیکوباکتر پیلوری استفاده شد. یافته‌ها: شیوع عفونت هلیکوباکتر پیلوری 5/43 درصد به‌دست آمد. میانگین سن در دو گروه دارای عفونت (14/17±59/46) و فاقد عفونت هلیکوباکتر پیلوری (3/17±35/42) تفاوت معنی‌داری داشت (033/0=P). سن 40 سال و بیشتر (036/0=P 63/1=OR)، شاغل بودن (047/0=P 91/1=OR)، استعمال دخانیات (008/0=P 16/2=OR)، داشتن حیوان خانگی (043/0=P 74/1=OR)، مصرف آب لوله (آب شیر) (025/0=P 75/1=OR) و گروه خونی O (0001/0 =P 21/3 =OR) با عفونت هلیکوباکتر پیلوری رابطه معنی‌دار داشتند. نتیجه‌گیری: با توجه به شیوع به‌دست آمده در این مطالعه، عفونت هلیکوباکتر پیلوری در منطقه ما نیز یک موضوع قابل توجه به شمار می‌آید. در ضمن، بعضی از عواملی که با عفونت هلیکوباکتر پیلوری رابطه معنی‌دار داشتند، اصلاح‌پذیر می‌باشند و اصلاح این عوامل ممکن است منجر به کاهش شیوع عفونت این میکروارگانیسم در جامعه شود.