fa جداسازی و بررسی توالی ژن هماگلوتینین ویروس انفلوانزای A/H1N1 عامل پاندمی 2009 (جدایه‌ی ایران) عمومى General پژوهشي Original <p>زمینه: ویروس انفلوانزا پاتوژن تنفسی مهمی است که سالانه منجر به درصد بالایی از بیماری و مرگ ومیر می‌شود. ویروس جدید A/H1N1 (Novel) که در سال 2009 جمعیت زیادی از مردم جهان را درگیر کرد، از بازآرایی ژنوم سه نوع ویروس انفلوانزای انسانی، خوکی و پرندگان به‌وجود آمده است. با توجه به نقش مهم هماگلوتینین (HA) در عفونت‌زایی ویروس انفلوانزا، تعیین توالی ژنوم این پروتئین و بررسی تغییرات آن ضروری به‌نظر می‌رسد. در این مطالعه ژن HA ویروس A/H1N1 Novel جدایه‌ی ایران جداسازی و بررسی گردید. مواد و روش‌ها: در این مطالعه آزمایشگاهی، ژنوم ویروس از نمونه‌های مستقیم بیمار مبتلا به انفلوانزای Novel AH1N1 که با روش Real-timePCR و بر پایه پروتکل بین‌المللی در آزمایشگاه تحقیقات انفلوانزای انستیتو پاستور به تأیید رسیده بودند، استخراج شد و طول کامل ژنوم HA با استفاده از پرایمرهای اختصاصی به‌روش One step-RT-PCR تکثیر یافت. ژنوم تکثیر یافته بعد از کلونینگ در ناقل pGEM-T Easy، با آنالیز آنزیمی و تعیین توالی تأیید گردید. یافته‌ها: طول کامل ژن بیان کننده پروتئین HA به کمک PCR از نمونه‌های بیمار جدا شد و پس از الکتروفورز و مشاهده قطعه مورد انتظار 1777 جفت بازی، استخراج از ژل صورت گرفته و سپس در ناقل pGEM-T Easy کلون و تعیین ترادف شد. توالی حاصله با استفاده از نرم‌افزار chromas ویرایش 45/1 مورد بررسی قرار گرفت و نهایتاً با کد دستیابی &quot;1/419001 HQ&quot;در بانک ژنی ثبت گردید. نتیجه‌گیری: نتایج آنالیز نوکلئوتیدی نشان داد که توالی فوق با تمام سکانس‌های گزارش شده از سراسر دنیا از جمله سویه توصیه شده برای واکسن مطابقت دارد.</p> <p>Background: Influenza virus is a globally important respiratory pathogen causing high degree of morbidity and mortality annually. The novel Influenza virus (A/H1N1) which involved many populations of the world in 2009 is a sort of triple reassortment between swine, bird and human viruses. Given the important role of hemagglutinin in the infectivity of influenza virus, genome sequencing of this protein and investigation of its changes seems necessary. Material and Method: In this experimental study, the viral genome was extracted from clinical throat swab samples, in which the presence of swine influenza genome has been confirmed by Real-time PCR according to WHO protocol in Influenza Research Lab, Pasteur Institute of Iran. Full-length of HA genome was amplified using specific primers by one step-RT-PCR, cloned into pGEM-T Easy vector followed by identification with restriction enzyme analysis and sequencing. Results: Full genome of novel influenza A/H1N1 from clinical samples was amplified by PCR and the expected 1777 bp segment PCR product was visualized by electrophoresis, gel purified, cloned into pGEM-TEasy vector and then sequenced. Analysis of sequencing was accomplished by chromas software (version 1.45-Australia) and the nucleotide sequence data was deposited in GenBank database under the accession number: &ldquo;HQ419001.1&rdquo;. Conclusion: The result of sequencing was well-matched with the recommended vaccine strain and other registered sequences in NCBI.</p> انفلوانزا, هماگلوتینین, پاندمی 2009, توالی یابی, بانک ژن Influenza A, Hemagglutinin, Pandemic Flu 2009, sequencing, gene bank 182 190 http://ismj.bpums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-3-441&slc_lang=fa&sid=1 Seyyedeh Fahimeh Mousavi سیده فهیمه موسوی 570031947532846009076 570031947532846009076 No Department of Virology, Influenza Research Lab, Pasteur Institute of Iran, Tehran, IRAN گروه ویروس‌شناسی، آزمایشگاه تحقیقات انفلوانزا، انستیتو پاستور ایران، تهران Fatemeh Fotouhi فاطمه فتوحی fotouhi@pasteur.ac.ir 570031947532846009077 570031947532846009077 Yes Department of Virology, Influenza Research Lab, Pasteur Institute of Iran, Tehran, IRAN گروه ویروس‌شناسی، آزمایشگاه تحقیقات انفلوانزا، انستیتو پاستور ایران، تهران Atena Yousefi آتنا یوسفی 570031947532846009078 570031947532846009078 No Department of Virology, Influenza Research Lab, Pasteur Institute of Iran, Tehran, IRAN گروه ویروس‌شناسی، آزمایشگاه تحقیقات انفلوانزا، انستیتو پاستور ایران، تهران Behrokh Frarahmand بهرخ فرهمند 570031947532846009079 570031947532846009079 No Department of Virology, Influenza Research Lab, Pasteur Institute of Iran, Tehran, IRAN گروه ویروس‌شناسی، آزمایشگاه تحقیقات انفلوانزا، انستیتو پاستور ایران، تهران Behnaz Heydarchi بهناز حیدرچی 570031947532846009080 570031947532846009080 No Department of Virology, Influenza Research Lab, Pasteur Institute of Iran, Tehran, IRAN گروه ویروس‌شناسی، آزمایشگاه تحقیقات انفلوانزا، انستیتو پاستور ایران، تهران Rezvan Tavakoli رضوان توکلی 570031947532846009081 570031947532846009081 No Department of Virology, Influenza Research Lab, Pasteur Institute of Iran, Tehran, IRAN گروه ویروس‌شناسی، آزمایشگاه تحقیقات انفلوانزا، انستیتو پاستور ایران، تهران Masoomeh Tavassoti Kheiri معصومه توسطی‎خیری 570031947532846009082 570031947532846009082 No Department of Virology, Influenza Research Lab, Pasteur Institute of Iran, Tehran, IRAN گروه ویروس‌شناسی، آزمایشگاه تحقیقات انفلوانزا، انستیتو پاستور ایران، تهران