دوره 24، شماره 5 - ( دو ماهنامه طب جنوب 1400 )
جلد 24 شماره 5 صفحات 480-469 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Moein H, Kafilzadeh F, Miri M R, Khalilpazir M. Design and Evaluation of a PCR Method for Detecting White Spot Syndrome Virus in Shrimp. Iran South Med J 2021; 24 (5) :469-480
URL: http://ismj.bpums.ac.ir/article-1-1516-fa.html
URL: http://ismj.bpums.ac.ir/article-1-1516-fa.html
معین حسین، کفیل‌زاده فرشید، میری محمدرضا، خلیل‌پذیر محمد. طراحی و ارزیابی عملکرد PCR جهت تشخیص ویروس سندروم لکه سفید در میگو. مجله طب جنوب. 1400; 24 (5) :469-480
1- ، f.kafilzadeh@gmail.com
چکیده: (2775 مشاهده)
زمینه: ویروس سندروم لکه سفید، عامل بیماری لکه سفید در میگوها و بسیاری از سخت‌پوستان می‌باشد. این بیماری بسیار مسری است و در طی 3-10 روز در شرایط کشت طبیعی باعث مرگ‌و میر می‌شود، بنابراین، تشخیص زود هنگام این ویروس یک ضرورت می‌باشد.
مواد و روش‌ها: برای 3 ناحیه از ژنوم ویروس و یک ناحیه از ژنوم میگو پرایمرهایی سازگار با هم طراحی شدند که بتوانند با هم در یک واکنش عملکرد داشته باشند.استخراج DNA از 40 نمونه میگوی مشکوک به بیماری انجام گردید. سپس پرایمرها به صورت تکی جهت تشخیص ویروس لکه سفید بهینه‌سازی شدند و پس از انتخاب مناسب‌ترین آن‌ها، تشخبص ویروس به صورت همزمان توسط دو جفت پرایمر انجام گردید. از پرایمرهای تکثیر کننده ژنوم میگو هم به‌عنوان کنترل داخلی استفاده شد.
یافته‌ها: از بین پرایمرهای طراحی شده 3 جفت پرایمر که یک قطعه از ژنوم میگو و 2 قطعه از ژنوم ویروس را تکثیر می‌کردند انتخاب گردید. از 40 نمونه بررسی شده 28 نمونه مثبت (آلوده به ویروس) و 12 نمونه منفی بود که با نتایج به‌دست آمده با کیت مرجع مطابقت داشت.
نتیجه‌گیری: جهت تشخیص ویروس، بررسی 2 ناحیه از ژنوم آن کافی می‌باشد و احتمال منفی کاذب را کاهش می‌دهد. همچنین استفاده از ژنوم میگو جهت کنترل مراحل استخراج DNA و PCR مفید می‌باشد. روش PCR تک مرحله‌ای نسبت به روش‌های دو مرحله‌ای (Nested PCR) بدلیل کاهش احتمال آلودگی و راحتی انجام آن اولویت دارد.
مواد و روش‌ها: برای 3 ناحیه از ژنوم ویروس و یک ناحیه از ژنوم میگو پرایمرهایی سازگار با هم طراحی شدند که بتوانند با هم در یک واکنش عملکرد داشته باشند.استخراج DNA از 40 نمونه میگوی مشکوک به بیماری انجام گردید. سپس پرایمرها به صورت تکی جهت تشخیص ویروس لکه سفید بهینه‌سازی شدند و پس از انتخاب مناسب‌ترین آن‌ها، تشخبص ویروس به صورت همزمان توسط دو جفت پرایمر انجام گردید. از پرایمرهای تکثیر کننده ژنوم میگو هم به‌عنوان کنترل داخلی استفاده شد.
یافته‌ها: از بین پرایمرهای طراحی شده 3 جفت پرایمر که یک قطعه از ژنوم میگو و 2 قطعه از ژنوم ویروس را تکثیر می‌کردند انتخاب گردید. از 40 نمونه بررسی شده 28 نمونه مثبت (آلوده به ویروس) و 12 نمونه منفی بود که با نتایج به‌دست آمده با کیت مرجع مطابقت داشت.
نتیجه‌گیری: جهت تشخیص ویروس، بررسی 2 ناحیه از ژنوم آن کافی می‌باشد و احتمال منفی کاذب را کاهش می‌دهد. همچنین استفاده از ژنوم میگو جهت کنترل مراحل استخراج DNA و PCR مفید می‌باشد. روش PCR تک مرحله‌ای نسبت به روش‌های دو مرحله‌ای (Nested PCR) بدلیل کاهش احتمال آلودگی و راحتی انجام آن اولویت دارد.
نوع مطالعه: پژوهشي |
موضوع مقاله:
میکروب‌شناسی و ایمنولوژی
دریافت: 1400/9/7 | پذیرش: 1400/9/7 | انتشار: 1400/9/7
دریافت: 1400/9/7 | پذیرش: 1400/9/7 | انتشار: 1400/9/7
فهرست منابع
1. Pradeep B, Shekar M, Karunasagar I, et al. Characterization Of Variable Genomic Regions Of Indian White Spot Syndrome Virus. Virology 2008; 376(1): 24-30.
2. Joseph TC, James R, Rajan LA, et al. White Spot Syndrome Virus Infection: Threat To Crustacean Biodiversity In Vembanad Lake, India. Biotechnol Rep 2015; 7: 51-4.
3. Flegel TW, Lightner DV, Lo CF, et al. Shrimp Disease Control: Past, Present And Future. Diseases In Asian Aquaculture VI. Fish Health Section, Asian Fisheries Society, Manila, Philippines 2008; 505: 355-78.
4. Wang CH, Lo CF, Leu JH, et al. Purification And Genomic Analysis Of Baculovirus Associated With White Spot Syndrome (WSBV) Of Penaeus Monodon. Dis Aquat Organ 1995; 23(3): 239-42.
5. Van Hulten MC, Tsai MF, Schipper CA, et al. Analysis Of A Genomic Segment Of White Spot Syndrome Virus Of Shrimp Containing Ribonucleotide Reductase Genes And Repeat Regions. J Gen Virol 2000; 81(2): 307-16.
6. Yang F, He J, Lin X, et al. Complete Genome Sequence Of The Shrimp White Spot Bacilliform Virus. J Virol 2001; 75(23): 11811-20.
7. Van Hulten MC, Witteveldt J, Snippe M, et al. White Spot Syndrome Virus Envelope Protein VP28 Is Involved In The Systemic Infection Of Shrimp. Virology 2001; 285(2): 228-33.
8. Parrilla-Taylor DP, Vibanco-Pérez N, DuránAvelar MDJ, et al. Molecular Variability And Genetic Structure Of White Spot Syndrome Virus Strains From Northwest Mexico Based On The Analysis Of Genomes. FEMS Microbiol Lett 2018; 365(20): fny216.
9. Oakey HJ, Smith CS. Complete Genome Sequence Of A White Spot Syndrome Virus Associated With A Disease Incursion In Australia. Aquaculture 2018; 484: 152-9.
10. Leu JH, Yang F, Zhang X, et al. Whispovirus. In: Van Etten JL editor. Lesser Known Large dsDNA Viruses. Current Topics in Microbiology and Immunology, vol 328. Berlin, Heidelberg: Springer, 2009, 197-227.
11. Pradeep B, Rai P, Mohan SA, et al. Biology, Host Range, Pathogenesis And Diagnosis Of White Spot Syndrome Virus. Indian J Virol 2012; 23(2): 161-74.
12. Chou HY, Huang CY, Wang CH, et al. Pathogenicity Of A Baculovirus Infection Causing White Spot Syndrome In Cultured Penaeid Shrimp In Taiwan. Dis Aquat Organ 1995; 23(3): 165-73.
13. Rajan PR, Ramasamy P, Purushothaman V, et al. White Spot Baculovirus Syndrome In The Indian Shrimp Penaeus Monodon And P. Indicus. Aquaculture 2000; 184(1-2): 31-44.
14. Lightner DV. A Handbook Of Shrimp Pathology And Diagnostic Procedures For Diseases Of Cultured Penaeid Shrimp. Baton Rouge (La.): World Aquaculture Society, 1996, 11.
15. Debnath PP, Karim E, Haque MA, et al. Prevalence Of White Spot Syndrome Virus In Brood Stock, Nauplii And Post-Larvae Of Tiger Shrimp (Penaeus Monodon Fabricius, 1798) In Bangladesh. J Adv Sci Res 2012; 3(3): 58-63.
16. Verbruggen B, Bickley LK, Van Aerle R, et al. Molecular Mechanisms Of White Spot Syndrome Virus Infection And Perspectives On Treatments. Viruses 2016; 8(1): 23.
17. Wu H, Zhang J, He Y, et al. A Metabolic Study In Hepatopancreas Of Litopenaeus Vannamei Response To White Spot Syndrome Virus. Int Aquat Res 2017; 9: 195-201.
18. Oidtmann B, Dixon P, Way K, et al. Risk Of Waterborne Virus Spread–Review Of Survival Of Relevant Fish And Crustacean Viruses In The Aquatic Environment And Implications For Control Measures. Rev Aquacult 2018; 10(3): 641-69.
19. Lightner DV, Redman RM, Pantoja CR, et al. Historic Emergence, Impact And Current Status Of Shrimp Pathogens In The Americas. J Invertebr Pathol 2012; 110(2): 174-83.
20. Stentiford GD, Neil DM, Peeler EJ, et al. Disease Will Limit Future Food Supply From The Global Crustacean Fishery And Aquaculture Sectors. J Invertebr Pathol 2012; 110(2): 141-57.
21. Sánchez‐Martínez JG, Aguirre‐Guzmán G, Mejía‐Ruíz H. White Spot Syndrome Virus In Cultured Shrimp: A Review. Aquac Res 2007; 38(13): 1339-54.
22. Chanratchakool P, Phillips MJ. Social And Economic Impacts And Management Of ShrimpDisease Among Small-Scale Farmers In Thailand And Vietnam. In: Arthur JR, Phillips MJ, Subasinghe RP, Reantaso MB, MacRae IH, editors. Primary Aquatic Animal Health Care in Rural, Small-scale, Aquaculture Development. FAO Fish Tech Pap 2002, No.406, 177-89.
23. Tendencia EA, Bosma RH, Verreth JA. White Spot Syndrome Virus (WSSV) Risk Factors Associated With Shrimp Farming Practices In Polyculture And Monoculture Farms In The Philippines. Aquaculture 2011; 311(1-4): 87-93.
24. Dey BK, Dugassa GH, Hinzano SM, et al. Causative Agent, Diagnosis And Management Of White Spot Disease In Shrimp: A Review. Rev Aquacult 2020; 12(2): 822-65.
25. Yoganandhan K, Thirupathi S, Hameed AS. Biochemical, Physiological And Hematological Changes In White Spot Syndrome Virus-Infected Shrimp, Penaeus Indicus. Aquaculture 2003; 221(1-4): 1-11.
26. Escobedo-Bonilla CM, Wille M, Sanz VA, et al. Pathogenesis Of A Thai Strain Of White Spot Syndrome Virus (WSSV) In Juvenile, Specific Pathogen-Free Litopenaeus Vannamei. Dis Aquat Organ 2007; 74(2): 85-94.
27. Durand SV, Lightner DV. Quantitative Real Time PCR For The Measurement Of White Spot Syndrome Virus In Shrimp. J Fish Dis 2002; 25(7): 381-9.
28. Tan LT, Soon S, Lee KL, et al. Quantitative Analysis Of An Experimental White Spot Syndrome Virus (WSSV) Infection In Penaeus Monodon Fabricius Using Competitive Polymerase Chain Reaction. J Fish Dis 2001; 24(6): 315-23.
29. Chang PS, Lo CF, Wang YC, et al. Identification Of White Spot Syndrome Associated Baculovirus (WSBV) Target Organs In The Shrimp Penaeus Monodon By In Situ Hybridization. Dis Aquat Organ 1996; 27(2): 131-9.
30. Lo CF, Ho CH, Chen CH, et al. Detection And Tissue Tropism Of White Spot Syndrome Baculovirus (WSBV) In Captured Brooders Of Penaeus Monodon With A Special Emphasis On Reproductive Organs. Dis Aquat Organ 1997; 30(1): 53-72.
31. Chen IT, Lee DY, Huang YT, et al. Six Hours After Infection, The Metabolic Changes Induced By WSSV Neutralize The Host’s Oxidative Stress Defenses. Sci Rep 2016; 6: 27732.
32. Pan X, Zhang Y, Sha X, et al. Highly Sensitive Detection Of Low-Abundance White Spot Syndrome Virus By A Pre-Amplification PCR Method. J Microbiol Biotechnol 2017; 27(3): 471-9.
33. Menasveta P. Improved Shrimp Growout Systems For Disease Prevention And Environmental Sustainability In Asia. Rev Fish Sci 2002; 10(3-4): 391-402.
34. Van Hulten MC, Witteveldt J, Peters S, et al. The White Spot Syndrome Virus DNA Genome Sequence. Virology 2001; 286(1): 7-22.
35. Goldsmith CS, Miller SE. Modern Uses Of Electron Microscopy For Detection Of Viruses. Clin Microbiol Rev 2009; 22(4): 552-63.
36. Biel SS, Gelderblom HR. Diagnostic Electron Microscopy Is Still A Timely And Rewarding Method. J Clin Virol 1999; 13(1-2): 105-19.
37. Chaivisuthangkura P, Longyant S, Rukpratanporn S, et al. Enhanced White Spot Syndrome Virus (WSSV) Detection Sensitivity Using Monoclonal Antibody Specific To Heterologously Expressed VP19 Envelope Protein. Aquaculture 2010; 299(1-4): 15-20.
38. Makesh M, Koteeswaran A, Chandran NDJ, et al. Development Of Monoclonal Antibodies Against VP28 Of WSSV And Its Application To Detect WSSV Using Immunocomb. Aquaculture 2006; 261(1): 64-71.
39. Vaniksampanna A, Longyant S, Wangman P, et al. Enhancement And Confirmation Of White Spot Syndrome Virus Detection Using Monoclonal Antibody Specific To VP 26. Aquacult Res 2017; 48(4): 1699-710.
40. Sithigorngul P, Rukpratanporn S, Chaivisuthangkura P, et al. Simultaneous And Rapid Detection Of White Spot Syndrome Virus And Yellow Head Virus Infection In Shrimp With A Dual Immunochromatographic Strip Test. J Virol Methods 2011; 173(1): 85-91.
41. Burgesser KM, Hotaling S, Schiebel A, et al. Comparison Of PCR, Virus Isolation, And Indirect Fluorescent Antibody Staining In The Detection Of Naturally Occurring Feline Herpesvirus Infections J Vet Diagn Invest 1999; 11(2): 122-6.
42. Mott J, Rikihisa Y, Zhang Y, et al. Comparison Of PCR And Culture To The Indirect Fluorescent-Antibody Test For Diagnosis Of Potomac Horse Fever. J Clin Microbiol 1997; 35(9): 2215-9.
43. Poulos BT, Pantoja CR, Bradley-Dunlop D, et al. Development And Application Of Monoclonal Antibodies For The Detection Of White Spot Syndrome Virus Of Penaeid Shrimp. Dis Aquat Organ 2001; 47(1): 13-23.
44. Rahman S, Hasan J, Hoq ME. Investigation On White Spot Syndrome Virus (WSSV) In Penaeus Monodon Brood, Nauplii, Post Larvae And Cultured Shrimp In Cox’s Bazar, Bangladesh By Using Nested PCR Techniques. Pak J Mar Sci 2018; 27(1): 1-10.
45. Nunan LM, Lightner DV. Optimized PCR Assay For Detection Of White Spot Syndrome Virus (WSSV). J Virol Methods 2011; 171(1): 318-21.
46. Aktar S, Parvez MS, Islam HR, et al. Multiplex-PCR Protocol Development For Rapid Screening Of White Spot Syndrome Virus (WSSV) In Shrimp. J Fisheries 2020; 8(3): 885-90.
47. Sritunyalucksana K, Srisala J, McColl K, et al. Comparison Of PCR Testing Methods For White Spot Syndrome Virus (WSSV) Infections In Penaeid Shrimp. Aquaculture 2006; 255(1-4): 95-104.
48. Xue M, Wu L, He Y, et al. Biases During DNA Extraction Affect Characterization Of The Microbiota Associated With Larvae Of The Pacific White Shrimp, Litopenaeus Vannamei. PeerJ 2018; 6: e5257.
49. Dehghani P, Zolgharnein H, Nabipour I, et al. Molecular Identification of the Persian Gulf Sea Hare (Aplysia sp.) Based on 16s rRNA Gene Sequence. Iran South Med J 2021; 24(1): 78-87. (Persian)
50. Hossain MS, Otta SK, Chakraborty A, et al. Detection Of WSSV In Cultured Shrimps, Captured Brooders, Shrimp Postlarvae And Water Samples In Bangladesh By PCR Using Different Primers. Aquaculture 2004; 237(1-4): 59-71.
51. Shekhar MS, Azad IS, Ravichandran P. Comparison Of Dot Blot And PCR Diagnostic Techniques For Detection Of White Spot Syndrome Virus In Different Tissues Of Penaeus Monodon. Aquaculture 2006; 261(4): 1122-7.
52. Sritunyalucksana K, Apisawetakan S, Boon-Nat A, et al. A New RNA Virus Found In Black Tiger Shrimp Penaeus Monodon From Thailand. Virus Res 2006; 118(1-2): 31-8.
53. Green MR, Sambrook J. Hot Start Polymerase Chain Reaction (PCR). Cold Spring Harb Protoc 2018; 2018(5): pdb.prot095125.
54. Ayub F, Sarker MY, Alam MS. Prevalence Of White Spot Syndrome Virus Infection Detected By One-Step And Nested PCR In Selected Tiger Shrimp (Penaeus Monodon) Hatcheries. Aquacult Int 2008; 16: 405-15.
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
