زمینه: استافیلوکوک‌های کواگولاز منفی (CoNS) یکی از عوامل عفونت‌های بیمارستانی هستند. هدف از این مطالعه مقایسه کارآمدی روش‎های دیسک دیفیوژن، آگار اسکرین و E-test در مقایسه با وجود ژنmecA است که به‌روش Real-time PCR در ایزوله‎های کلینیکی استافیلوکوک کواگولاز منفی مقاومت به متی‌سیلین، به‌عنوان استاندارد طلایی تعیین شد. مواد و روش‌ها: 88 ایزوله استافیلوکوک کواگولاز منفی از نمونه‌های بالینی بیمارستان‌های آموزشی شهرکرد جدا شدند. با روش‎های دیسک دیفیوژن، آگار اسکرین، E-test سویه‌های مقاوم به متی‌سیلین شناسایی شده و وجود ژن mecA به-روش Real-time PCR تعیین گردید. مقایسه نتایج روش‌های انجام شده با نتایج Real-time PCR توسط آزمون کای مربع و آزمون دقیق فیشر انجام گردید. یافته‌ها: از بین 88 ایزوله استافیلوکوک کواگولاز منفی، 46 مورد (3/52 درصد) حامل ژن mecA بودند و 42 مورد (7/47 درصد) فاقد این ژن بودند. نتایج همه روش‌های استفاده شده ارتباط معنی‌داری با Real-time PCR نشان دادند. E-test دارای حساسیت، اختصاصیت 100 درصد، اگزاسیلین آگار اسکرین (6/0 میکروگرم بر میلی‌لیتر) به‌ترتیب حساسیت و اختصاصیت 96 درصد و 98 درصد، حساسیت و اختصاصیت دیسک دیفیوژن به‌ترتیب 91 درصد و 90 درصد بود. نتیجه‌گیری: بر طبق مطالعه حاضر، بهترین روش فنوتیپی E-test می‌باشد که استفاده از آن توصیه می‌گردد. در صورت وجود محدودیت‌های اقتصادی، روش آگاراسکرین (6/0 میکروگرم بر میلی‌لیتر) که در تشخیص مقاومت به متی‌سیلین در سویه‌های استافیلوکوک گوآگولاز منفی از نظر صحت و مقرون به‌صرفه بودن روش مناسبی می‌باشد، نیز قابل پیشنهاد است.